我国微生物肥料的研究和生产始于建国初期，至今已有50年的历史，其间经历了几次大的起伏，目前，是第4次发展时期，与前3次相比有几个不同的特点。
    ①初步形成了微生物肥料产业，有一定的规模的水平。据不完全统计，国内目前约有250～300个企业(不包括那些打着”微生物肥料”或什么擦边的”生化”、”生物”肥料企业或一些属伪科学的”微生物肥料”生产企业)，年产量超过100万吨，但这个数字是不稳定的，每年都有一些新上的企业，也有一些因各种原因而关闭的企业。整体生产设备、工艺水平较前3次有了较大的提高，有的企业设备达到国外80年代中期水平。
    ②产品种类繁多，使用的菌种不断扩大。如所使用的菌种早已不限于根瘤菌，即使是根瘤菌，种类也达10数种之多，其它的诸如各种自生、联合固氮微生物，多种芽胞杆菌，光合细菌，以及多种纤维素分解菌、乳酸菌、酵母菌、放线菌、真菌等。制品的剂型也有多种，如液体、固体、颗粒，甚至冻干剂型等。接种剂类型或与其它有机、无机复合的所谓微生物肥料等。
    ③使用效果逐渐被农民认可，使用面积不断扩大。当前生产使用的一些品牌，如硅酸盐菌剂，经过10多年的运作，在多种作物上经过试验、示范和推广，在国内近20个省、市、区应用，取得显著的效果，生产企业也由过去的几家发展到超过20家，有的企业产品出现供不应求的局面。
    ④行业管理初步形成，质量意识开始深入人心，质检体系初步形成。农业部微生物肥料质检中心于1996年正式运转，微生物肥料纳入农业部的肥料检验登记管理范围，已发布了一个行业标准，待批4个标准，另有3个标准开始酝酿，先后举办了7期标准培训班和有关标准、产品质量、应用误区等文章的发表，使社会各界的产品质量意识不断提高。
    少数产品开始进入国际市场。近几年一些微生物肥料产品靠自身的质量和应用效果开始有部分出口，如硅酸盐菌剂出口到泰国、印度，一种液体生物有机肥出口到泰国、坦桑尼亚等均是好苗头，说明其应用效果开始为国外认可。同时，也有部分国外产品进入国内。